Las desventajas del procesamiento electrónico de datos o los sistemas de gestión de documentos electrónicos son insignificantes en comparación con las ventajas. Una de las desventajas es que estos datos electrónicos son vulnerables a los ataques de ciberataques y piratas informáticos y deben protegerse. Otro problema puede ser que, a menos que se haga una copia de seguridad adecuada de los datos, las operaciones pueden bloquearse si el sistema falla.