Je vais reformuler votre question en « Pourquoi les mouches existent-elles ? » Parce qu'à la base, c'est une question scientifique à laquelle on peut répondre (je n'ai aucune idée de comment répondre à la question religieuse).
La réponse courte est que les mouches existent parce qu'elles le peuvent. Partout dans la nature où il y a une niche à combler (un moyen de gagner sa vie qui n'est pas déjà utilisé par une autre espèce), il y a une opportunité pour une créature de commencer à exploiter cette niche et ceux qui peuvent le faire mieux que d'autres ont plus de personnes décédées que celles qui ne le peuvent pas et les gènes qui permettent cette exploitation augmentent en fréquence dans la population. Au fil du temps, des mutations aléatoires se produisent et certaines d'entre elles offrent également un avantage à leurs possesseurs. De cette façon, les mouches se sont spécialisées (adaptées) à leurs différentes niches.
En bref, les mouches ont évolué pour remplir de nombreuses niches et elles y ont très bien réussi. Tant qu'il y aura un moyen de gagner sa vie, un organisme finira par s'adapter pour le remplir, quel que soit son effet sur les humains.
Pourquoi y a-t-il des virus et des bactéries mortels ? Pour la même raison.
Rappelez-vous que le dessein de Dieu pour que tout soit bon, même les serpents et les araignées, mais Adam et Eve ont péché. Quoi qu'il en soit, Dieu avait un plan b et a utilisé les mouches pour aider l'écosystème. Religieusement et Scientifiquement parlant.