La structure gouvernementale des Philippines pendant la période espagnole se composait essentiellement de gouvernements nationaux, provinciaux, municipaux et de quartier. Cette hiérarchie a été calquée sur la structure gouvernementale de l'Espagne.
Au niveau national, les Philippines étaient gouvernées par le roi d'Espagne par l'intermédiaire de son représentant, le soi-disant gouverneur général. Le siège du pouvoir était situé à Intramuros, à Manille, et le gouverneur général agissait en tant que chef de la Cour suprême, commandant en chef de la marine et de l'armée et planificateur économique du pays. Tout le pouvoir exécutif au sein du gouvernement local venait de lui. En tant que patron vice-royal, il avait également le droit de superviser les nominations ecclésiastiques et de superviser le travail missionnaire.
Les provinces étaient dirigées par des maires dits alcades, ou gouverneurs de province dans les zones pacifiées, et des corregidores, également maires alcades, mais généralement du personnel militaire, dans les zones militaires non pacifiées. Cela s'appliquait également aux administrations municipales. Les deux postes impliquaient d'être juge, tribut ou impôt, percepteur, chef de la police, capitaine général de province et patron vice-royal.
Les villes, ou pueblos, étaient dirigées par de soi-disant petits gouverneurs. Les tâches administratives comprenaient la préparation de listes d'hommage; la conscription militaire, le travail communal, le travail postal et le recrutement et la répartition des individus pour le travail de conscription. De plus, le petit gouverneur agissait comme juge dans les petites affaires civiles et administratives.
Le barrio, ou gouvernement du village, était entre les mains de l'administrateur du barrio. Généralement responsable du maintien de la paix et de l'ordre, l'administrateur du barrio recrutait également des hommes pour les travaux communaux ou publics. Pour s'assurer que les fonctionnaires royaux n'abusent pas de leurs pouvoirs, des visites aléatoires sans préavis ont été effectuées par des visitador-généraux envoyés d'Espagne.
La loi Maura, instaurée en 1893, réorganise les administrations municipales pour les rendre plus autonomes et efficaces. Il a ensuite été adopté, renforcé et révisé par les gouvernements américain et philippin.