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Les micro-organismes reçoivent leur nom de la même manière que tout autre organisme : Par leur genre et leur espèce.
Ce système a été introduit par un botaniste suédois appelé Carlous Linnaeus (1707 - 1778), et qui a été surnommé le père de la taxonomie. Le système de Linnaeus signifie que tous les organismes reçoivent un nom scientifique dérivé d'un système appelé nomenclature binomiale et signifie que chaque nom est composé de deux mots.
Le prénom fait référence au nom générique de quoi que ce soit (et s'écrit toujours avec une majuscule). C'est le genre. Le deuxième mot fait référence au nom spécifique (l'espèce) et est toujours écrit en minuscule.
Un exemple en est le nom qui est donné aux êtres humains : Homo sapiens (le genre suivi de l'espèce). Linnaeus croyait que cette méthode avait un sens parfait, une croyance qui a été maintenue car c'est toujours celle qui est utilisée aujourd'hui. Cette méthode permet de savoir plus facilement, lorsqu'on regarde un nom scientifique, à quel groupe appartient un organisme avant de lui donner son nom d'espèce.
Pour continuer sur le thème de l'humanité, la simplicité de connaître à la fois le genre et l'espèce est démontrée avec les noms que Linné a donnés aux hommes des cavernes, qui était Homo troglodytes et signifie homme des cavernes. Quiconque regarderait ce nom scientifique saurait automatiquement quel était le genre.
Lorsqu'il grandit, la famille de Linnaeus le pousse vers l'Église pour qu'il puisse suivre la tradition familiale, mais il ne s'y intéresse pas. Un médecin de sa ville a reconnu l'intérêt de Linnaeus pour la botanique et en conséquence, il a été envoyé à l'Université de Lund pour étudier. En raison de son dévouement à son travail et des progrès qu'il a accomplis, Linnaeus a été fait chevalier en 1775 sous le nom de Carl von Linne.