¿Se calcula el impuesto federal de manera diferente sobre la indemnización por despido que sobre el pago regular?

Depende de si se retuvieron o no las deducciones de la indemnización por despido. Por lo general, se retienen las deducciones estándar.
 
Lo único que afectaría la tasa impositiva sería si la indemnización por despido aumentara el total del año a un nivel más alto. Si eres un magnate de Wall Street con un paracaídas dorado, probablemente lo sería. Si trabajas rígido como el resto de nosotros, probablemente no lo hará. Debería gravarse como ingresos ordinarios.