Voy a reformular tu pregunta como "¿Por qué existen las moscas?" Porque, en esencia, esta es una pregunta científica que puede responderse (no tengo idea de cómo responder a la pregunta religiosa).
La respuesta corta es que las moscas existen porque pueden. En todas partes de la naturaleza donde hay un nicho que llenar (una forma de ganarse la vida que aún no está siendo utilizada por otra especie), existe una oportunidad para que una criatura comience a explotar ese nicho y aquellos que pueden hacerlo mejor que otros. tienen más descendientes que los que no pueden y los genes que permiten que se produzca esta explotación aumentan en frecuencia en la población. Con el tiempo, ocurren mutaciones aleatorias y algunas de ellas también ofrecen a sus poseedores una ventaja y luego ellos también tienen más descendencia debido a esa ventaja y los genes para la ventaja aumentan en frecuencia con el tiempo. De esta manera, las moscas se especializaron (adaptaron) para sus diversos nichos.
En resumen, las moscas evolucionaron para llenar muchos nichos y han tenido mucho éxito en ello. Mientras haya una forma de ganarse la vida, algún organismo eventualmente se adaptará para llenarlo independientemente de su efecto en los humanos.
¿Por qué hay bacterias y virus mortales? Por la misma razón.
Recuerde que el propósito de Dios para todo era ser bueno, incluso serpientes y arañas, pero Adán y Eva pecaron. De todos modos, Dios tenía un plan by usó las moscas para ayudar al ecosistema. Religiosa y científicamente hablando.