La estructura gubernamental de Filipinas durante el período español consistió básicamente en gobiernos nacionales, provinciales, municipales y de barrio. Esta jerarquía se inspiró en la estructura gubernamental de España.
A nivel nacional, Filipinas estaba gobernada por el Rey de España a través de su representante, el llamado Gobernador General. La sede del poder estaba ubicada en Intramuros, Manila, y el gobernador general actuaba como jefe de la Corte Suprema, comandante en jefe tanto de la armada como del ejército y el planificador económico del país. Todo el poder ejecutivo dentro del gobierno local se originó en él. Como patrón virreinal, también tenía derecho a supervisar los nombramientos eclesiásticos y supervisar el trabajo misionero.
Las provincias estaban encabezadas por los llamados alcaldes alcaldes, o gobernadores provinciales en áreas pacificadas, y corregidores, igualmente alcaldes alcaldes, pero generalmente personal militar, en zonas militares no pacificadas. Esto también se aplica a los gobiernos de las ciudades. Ambos cargos implicaban ser juez, tributo o fiscal, recaudador, jefe de policía, capitán general provincial y patrón virreinal.
Ciudades, o pueblos, encabezados por los llamados pequeños gobernadores. Las tareas administrativas incluían la preparación de listas de tributos; reclutamiento militar, trabajo comunal, trabajo postal y reclutamiento y distribución de personas para trabajos de reclutamiento. Además, el pequeño gobernador actuó como juez en casos civiles y administrativos menores.
El gobierno del barrio o de la aldea estaba en manos del administrador del barrio. Generalmente responsable de mantener la paz y el orden, el administrador del barrio también reclutó hombres para trabajos comunitarios o públicos. Para asegurarse de que los oficiales reales no abusaron de sus poderes, los visitadores generales enviados desde España realizaron visitas aleatorias sin previo aviso.
La Ley Maura, establecida en 1893, reorganizó los gobiernos municipales para hacerlos más autónomos y efectivos. Posteriormente fue adoptado, reforzado y revisado por los gobiernos de Estados Unidos y Filipinas.