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El sistema respiratorio tiene varios mecanismos de protección;
* Pelos nasales: las partículas grandes transportadas por el aire quedan atrapadas en los pelos nasales que se extienden a través de las fosas nasales.
* Producción de moco: el tracto respiratorio por encima de los bronquiolos está revestido de epitelio, que secreta mucosidades espesas y pegajosas. Esto impermeabiliza el interior del sistema respiratorio y proporciona una barrera protectora contra cualquier irritante.
Cilia: son proyecciones diminutas en forma de cabello del revestimiento del epitelio a lo largo del tracto respiratorio. Mueven las mucas y partículas atrapadas hacia la garganta.
* Estornudos: Reflejo protector que se estimula cuando se irrita la mucosa nasal.
* Tos: mecanismo reflejo para eliminar el exceso de moco u otros irritantes de los pasajeros aéreos más allá de la nariz.
* Actividad de los fagocitos: las células fagocíticas en el epitelio absorben los desechos, el polvo y las bacterias y también ayudan a filtrar el aire entrante.
Revestimiento epitelial: La filtración en la cavidad nasal elimina las partículas grandes, las partículas pequeñas quedan atrapadas a su paso por el árbol bronquial y las partículas más pequeñas quedan atrapadas en el moco de los bronquiolos respiratorios o en el líquido alveolar donde son engullidas por los macrófagos. Los escombros se eliminan del sistema mediante los reflejos de toser y estornudar.