El uso de la microbiología en la industria y la agricultura se conoce como biotecnología o microbiología industrial. Tiene varias aplicaciones en ambos sectores. En el sector industrial, especialmente en la fabricación de productos químicos, la microbiología se utiliza para fabricar etanol, acetona, perfumes y enzimas. Además, la microbiología se utiliza para producir productos farmacéuticos como antibióticos, vacunas y esteroides.
En términos agrícolas, la microbiología se usa para producir bacterias que pueden usarse como insecticidas específicos que son superiores a los pesticidas comunes porque son amigables con el medio ambiente. El uso de la microbiología de esta manera significa que los cultivos pueden protegerse sin causar ningún efecto negativo en los seres humanos, la vida silvestre, los polinizadores y otros insectos beneficiosos.
Los microorganismos son muy importantes para la agricultura, los microorganismos descomponen la planta, por lo que el suelo es más fértil.
La discusión sobre el papel de los microbios en el bienestar humano puede dividirse en dos títulos: buenos y malos. Los microbios, como los conocemos, son capaces tanto de lo bueno como de lo malo en lo que respecta a la vida humana. Ahora enumeraremos tanto el daño como el beneficio de los microbios y luego sacaremos una conclusión sobre cómo la microbiología nos ha ayudado a controlar o matar los microbios malos y aprovechar al máximo los microbios buenos.