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Además de muchas similitudes entre las células procariotas y eucariotas, también existen algunas diferencias entre estas dos. Estas diferencias se analizan en el siguiente párrafo. Las células procariotas tienen un núcleo bien definido con doble membrana, mientras que las células procariotas no. El ADN de las células eucariotas es lineal, mientras que el de las células procariotas es circular. El ADN de las células eucariotas está presente en los cromosomas y está complejado con histonas que son de naturaleza proteica, mientras que el ADN de las células procariotas no tiene histonas y no está dispuesto en cromosomas. Las células procariotas contienen células individuales, mientras que las eucariotas contienen muchos cromosomas. Los ribosomas de las células eucariotas son grandes y complejos que los de las células procariotas. El citoplasma de las células eucariotas tiene orgánulos unidos a la membrana, mientras que el de las células procariotas sin membrana.