Die Nachteile der elektronischen Datenverarbeitung oder des elektronischen Dokumentenmanagementsystems sind im Vergleich zu den Vorteilen vernachlässigbar. Einer der Nachteile ist, dass diese elektronischen Daten anfällig für Angriffe von Cyber-Angreifern und Hackern sind und gesichert werden müssen. Ein weiteres Problem kann sein, dass der Betrieb bei einem Systemabsturz blockiert werden kann, wenn die Daten nicht ordnungsgemäß gesichert werden.