Menschliche Ausscheidungen wurden mit der Übertragung vieler Infektionskrankheiten in Verbindung gebracht, darunter Cholera, Typhus, infektiöse Hepatitis, Polio, Kryptosporidiose und Ascariasis. Unterernährung, Lungenentzündung, Wurmbefall werden auch mit unsicherem Wasser, schlechten sanitären Einrichtungen und Hygiene in Verbindung gebracht, was zu vermindertem körperlichem Wachstum, geschwächter körperlicher Fitness und beeinträchtigter kognitiver Funktion führt, insbesondere bei Kindern unter fünf Jahren.
Infektionserreger sind nicht die einzigen Gesundheitsprobleme im Zusammenhang mit Abwasser und Exkrementen. Schwermetalle, giftige organische und anorganische Stoffe können auch eine ernsthafte Bedrohung für die menschliche Gesundheit und die Umwelt darstellen – insbesondere wenn dem Abfallstrom Industrieabfälle beigemischt werden.