Где сначала находится компьютерный вирус, когда он заражает компьютер?

Зависит от вируса.

• Некоторые модифицируют загрузочную запись таким образом, чтобы при запуске компьютера вы загружались в код вируса, а не в операционное программное обеспечение.
  
• Некоторые скрываются в подпрограмме ввода с клавиатуры. Обычно они записывают нажатия клавиш и хранят их до тех пор, пока их не попросит автор вируса. Это распространенный способ кражи номеров кредитных карт.
  
• Некоторые присоединяются к прикладным программам, изменяя файлы .exe или .dll, а затем выполняют свою работу при запуске программы.
  
• И есть еще много
  

Авторы вирусов иногда бывают довольно умными.

Вначале речь идет о программных файлах. И вы будете хорошо осведомлены, что все оборудование работает под управлением программного обеспечения.