Erik
Malgré les avantages de l'audit continu, il existe certains inconvénients d'un tel audit. Les chiffres des livres de comptes qui ont déjà été vérifiés par les commissaires aux comptes lors de sa précédente visite peuvent être altérés par un commis malhonnête et les fraudes peuvent ainsi être commises. Les visites fréquentes de l'auditeur peuvent perturber le travail du client et causer des désagréments au client. Comme les auditeurs doivent consacrer plus de temps à ce type d'audit, il est certain qu'un auditeur facturerait des honoraires plus élevés que les autres audits. C'est donc un système d'audit plus coûteux.
Les commis à l'audit peuvent perdre le fil de leur travail et les questions que l'auditeur souhaite poser restent en suspens car il peut y avoir un long intervalle entre les deux visites. Ces avantages peuvent également être supprimés.
Aucune modification ne devrait être autorisée après que les transactions aient été vérifiées par les auditeurs, sans son autorisation. Si une modification doit être apportée, elle doit être effectuée au moyen d'une mention rectificative. La vérification d'un livre doit être effectuée dans la mesure du possible à chaque visite. Cependant, si cela n'est pas possible, l'auditeur doit vérifier la transaction jusqu'à une date précise et la noter dans son agenda.