Les inconvénients des systèmes de traitement électronique des données ou de gestion électronique de documents sont négligeables par rapport aux avantages. L'un des inconvénients est que ces données électroniques sont vulnérables aux attaques des cyber-attaquants et des pirates et doivent être sécurisées. Un autre problème peut être qu'à moins que les données ne soient correctement sauvegardées, les opérations peuvent se bloquer si le système tombe en panne.