Il existe trois théories différentes qui débattent de l'origine de l'archipel aux Philippines. Ces trois théories sont la théorie de l'évolution locale de F. Landa Jocano, la théorie de l'origine insulaire de William Solheim et la théorie de l'expansion austronésienne. Chacun a une perspective très différente sur la façon dont l'archipel est originaire des Philippines.
- La théorie de l'évolution locale de F. Landa Jocano
Cette théorie est basée sur des preuves fossilisées d'anciens humains qui ont migré non seulement vers les Philippines mais aussi vers Bornéo, la Nouvelle-Guinée et l'Australie. Jocano soutient que les preuves suggèrent qu'il y avait des habitants aux Philippines il y a 22 000 ans. Cela signifie que les habitants ne pouvaient pas venir de la péninsule malaise. Au contraire, les Philippins actuels sont le produit d'un long processus d'évolution et de mouvement de l'homme.
- La théorie de l'origine insulaire de William Solheim
Solheim soutient que le Nusantao Maritime Trading and Communication Network explique la diffusion des traits culturels à travers la région Asie-Pacifique. Les théories simples de la migration ne correspondent pas aux projections de la propagation culturelle. Le NMTCN explique pourquoi le motif s'est diffusé dans un certain nombre de directions.
La propagation des traits culturels est beaucoup plus susceptible de s'être produite à travers un réseau commercial plutôt que plusieurs migrations distinctes. C'est l'une des théories les plus dominantes encore en usage.
- La théorie de l'expansion austronésienne
C'est l'idée que les Polynésiens malais sont entrés dans l'archipel depuis Taïwan et ont migré vers les Philippines vers 4000 avant notre ère. Ces personnes ont ensuite déplacé tous les colons antérieurs.
Le seul aspect que les théories ont en commun est qu'en 1000 avant notre ère, les habitants de l'archipel s'étaient divisés en quatre groupes sociaux ; sociétés guerrières, tribus de chasseurs-cueilleurs, petites ploutocraties et principautés portuaires centrées sur la mer. Toute information sur l'archipel avant cette heure est encore très controversée.