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En fait, la théorie atomique moderne décrit également les concepts de base de la théorie atomique de Dalton. Cependant, il existe peu de différences entre la théorie atomique de Dalton et la théorie moderne des atomes. Dalton a présenté que toutes les matières sont constituées d'atomes indivisibles et indestructibles, tandis que les concepts modernes suggèrent que les atomes peuvent être détruits par des explosions nucléaires. En plus de cela, les atomes peuvent également être divisés en particules subatomiques, cependant, la théorie de Dalton ne le mentionnait pas.
La théorie atomique de Dalton a également montré que tous les atomes d'un même élément ont une masse et des propriétés identiques. D'autre part, la théorie atomique moderne falsifie ce concept à cause de la découverte des isotopes.