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La compréhension du mode de transmission des bactéries et autres agents infectieux est extrêmement importante du point de vue de la santé publique, car l'interruption de la chaîne de transmission est un excellent moyen de prévenir les maladies infectieuses. Le mode de transmission de nombreuses maladies infectieuses est « d'homme à homme », mais les maladies infectieuses sont également transmises à partir de sources non humaines telles que le sol, l'eau et les animaux. Les fomites sont des objets inanimés, tels que des serviettes, qui servent de source de micro-organismes pouvant causer des maladies infectieuses.
Bien que certaines infections soient causées par des membres de la flore normale, la plupart sont contractées par transmission à partir de sources externes. Les agents pathogènes quittent le patient infecté le plus souvent les voies respiratoires et gastro-intestinales; par conséquent, la transmission au nouvel hôte se produit généralement via des gouttelettes respiratoires en suspension dans l'air ou une contamination fécale des aliments et de l'eau. Les organismes peuvent également être transmis par contact sexuel, urine, contact cutané, transfusion sanguine, aiguilles contaminées ou insectes piqueurs. Le transfert de sang, que ce soit par transfusion ou par partage d'aiguilles lors de l'utilisation de drogues par voie intraveineuse, peut transmettre divers agents pathogènes bactériens et viraux. Le dépistage du sang donné pour Treponema pallidum, le VIH, le virus lymphotrope à cellules T humaines, le virus de l'hépatite B, le virus de l'hépatite C et le virus du Nil occidental a considérablement réduit le risque d'infection par ces organismes.
Les bactéries, virus et autres microbes peuvent également être transmis de la mère à la progéniture, un processus appelé transmission verticale. Les animaux sont également une source importante d'organismes qui infectent les humains. Le peut être soit la source soit le mode de transmission de certains organismes. Ainsi, nous pouvons réduire considérablement les risques de maladies infectieuses en interrompant la chaîne de transmission.