Des conditions spéciales sont requises pour que les organismes soient préservés et que les fossiles se forment, comme un enfouissement rapide dans les sédiments, de faibles niveaux d'énergie dans l'environnement dans lequel l'organisme est mort (les environnements à haute énergie produisent de nombreux fragments de fossiles lorsque l'organisme se désagrège), et de faibles niveaux d'oxygène dans l'environnement lorsque l'organisme meurt (la présence d'oxygène favorise la dégradation de l'organisme due à la pourriture bactérienne).
De plus, les mouvements de la Terre dus à la tectonique et à d'autres processus comme le métamorphisme signifient que de nombreux fossiles sont détruits, car la roche dans laquelle ils ont été formés se réchauffe et se comprime à mesure que davantage de sédiments s'accumulent sur le dessus.