- Différences respiratoires.
Essentiellement, la différence la plus fondamentale est entre les bactéries tolérantes à l'oxygène et les bactéries aérobies qui se développent au-dessus de la surface tandis que les bactéries anaérobies colonisent les zones plus profondes.
Les bactéries extrêmophiles qui poussent profondément sous la Terre ou autour des fumeurs noirs de la dorsale océanique n'utilisent pas nécessairement de l'oxygène ni même consomment ce qui serait considéré comme des nutriments normaux, décomposant plutôt les composés soufrés.
Les bactéries du fumeur noir ont une résistance extraordinaire à la chaleur et à la pression, comme leur origine le suggère. Les bactéries vivant dans les profondeurs (et les vers nématodes récemment découverts) vivent loin sous terre : elles se trouvent dans certaines strates rocheuses dans les mines de diamants les plus profondes d'Afrique du Sud, par exemple. Ils existent en décomposant des composés dans les roches.
Il existe de nombreux arguments et théories sur la façon dont les bactéries utilisant l'oxygène (les bactéries aérobies) ont réellement évolué. La production initiale d'oxygène sur Terre au plus profond de sa préhistoire aurait abouti à un gaz hautement toxique pour la plupart des bactéries anaérobies qui formaient la majorité du biome et de l'époque.
- Stratégies de ressources : Différences entre les colonies.
Les stromalites sont un bon exemple de colonie de surface, et on pense également qu'ils sont la cause directe de la libération de grandes quantités d'oxygène dans l'atmosphère. Ceux-ci utilisent la photosynthèse pour décomposer le dioxyde de carbone, faisant des sucres des aliments.
Leur accès à la lumière du soleil dépend du fait qu'elles restent en colonies de surface ; sans la lumière du soleil, ils mourraient. Les stromalites se trouvent dans les eaux côtières de l'Australie.
De toute évidence, l'utilisation des ressources déterminera où une colonie se développe. Les stromalites ont besoin de lumière du soleil et d'un accès au dioxyde de carbone, les bactéries qui vivent en profondeur ont besoin de composés soufrés ou de minéraux dans les roches dans lesquelles elles vivent ; en termes d'évolution, ils se sont adaptés pour les utiliser, et dans le processus ont exploité des environnements auxquels d'autres créatures ne peuvent même pas accéder.