Les moteurs CNG présentent de nombreux inconvénients, du manque de stations de ravitaillement à l'efficacité de travail, ce qui rend les moteurs à essence de loin préférables. Les moteurs de voitures à venir ont laissé le GNC si loin pour les raisons suivantes :
- Petite capacité de cylindre : Généralement les cylindres CNG possèdent un cylindre de 10kg à 12kg ce qui n'est pas suffisant pour un long trajet. Alors que le réservoir de carburant d'un moteur à essence a comparativement plus de capacité.
- Coût d'entretien élevé : le moteur CNG nécessite plus d'attention et de soins par rapport à l'essence. Sa bougie d'allumage, son filtre à air, ses cartouches de GNC doivent être changées après un certain temps, elles s'avèrent donc plus coûteuses.
- Coût élevé des voitures au GNC : un moteur au GNC nécessite des composants supplémentaires de stockage de carburant à installer, c'est pourquoi le coût d'une voiture avec un tel moteur devient légèrement plus élevé.
Il existe également plusieurs autres raisons qui rendent le moteur à essence plus utile par rapport au GNC. Cependant, les moteurs diesel sont beaucoup plus efficaces que les deux. C'est la raison pour laquelle de nombreux concessionnaires conservent d'importants stocks de moteurs diesel et les vendent à des tarifs raisonnables.