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Los metabolitos son básicamente productos intermedios y también productos del metabolismo. Este término se aplica generalmente a moléculas pequeñas. Un pequeño metabolito participa directamente en el crecimiento, el progreso y la reproducción estándar. Un metabolito inferior no está involucrado abiertamente en esos procesos, pero típicamente tiene una función ambiental significativa. Algunos de los ejemplos más conocidos de metabolitos son los antibióticos y los pigmentos.
El metaboloma básicamente forma una red muy grande de reacciones metabólicas, donde las salidas de una reacción química enzimática única son entradas para reacciones de sustancias adicionales. Estos sistemas se han descrito como hiperciclos.