¿Para qué Pokémon debería guardar mi Master Ball?

Depende de la versión específica a la que estés jugando. En algunos juegos hay fallos (como en esmeralda) donde puedes duplicar Pokémon y elementos. Así que lo replicaría si puedes.

Lo guardaría para giratina, pero si ya lo tienes, entonces ve por heatran, porque es mucho más útil que regigigas, pero tanto regigigas como heatran tienen la misma tasa de captura del 3%, así que también recomendaría usarlo si tu he intentado atrapar a uno de ellos y no está funcionando