Mi chihuahua me gruñe si lo levanto cuando está durmiendo o incluso cuando voy a agarrarlo. No quiero que sea así ¿Qué debo hacer?

Primero, verifique que no haya razones físicas para que el perro sea ágil. (puntos doloridos, heridas, etc.) Si no es nada, entonces:
No lo asustes cuando duerma.
Cuando esté despierto, haz un giro alfa para recordarle quién es el jefe. Haga esto varias veces al día.
No dejes que tu perro esté "encima, encima o encima" de ti. No lo dejes dormir en la cama. No dejes que se suba a las sillas ni que se eleve de ninguna manera. Haz que el perro atraviese las puertas al final, detrás de todos los humanos. No tenga miedo de corregir el mal comportamiento (lea sobre esto)
Cuando el perro pierde el complejo de Napoleón, puede comenzar a malcriarlo nuevamente.