- Diferencias respiratorias.
Esencialmente, la diferencia más básica es entre las bacterias aeróbicas y tolerantes al oxígeno que crecen en la parte superior de la superficie, mientras que las bacterias anaeróbicas colonizan las áreas más profundas.
Las bacterias extremófilas que crecen en las profundidades de la Tierra o alrededor de los fumadores negros de la cordillera del océano profundo no necesariamente usan oxígeno o incluso consumen lo que se considerarían nutrientes normales, y en su lugar descomponen los compuestos de azufre.
Las bacterias del fumador negro tienen una extraordinaria resistencia al calor y a la presión, como sugiere su origen. Las bacterias que habitan en las profundidades (y los gusanos nematodos recientemente descubiertos) viven muy bajo tierra: se encuentran en ciertos estratos rocosos en las minas de diamantes más profundas de Sudáfrica, por ejemplo. Existen al descomponer compuestos en las rocas.
Existe una gran discusión y teoría sobre cómo evolucionaron realmente las bacterias que utilizan el oxígeno (las bacterias aeróbicas). La producción inicial de oxígeno en la Tierra en lo profundo de su prehistoria habría resultado en un gas que era altamente tóxico para la mayoría de las bacterias anaeróbicas que formaron la mayor parte del bioma y el tiempo.
- Estrategias de recursos: diferencias entre colonias.
Las estromalitas son un buen ejemplo de una colonia de superficie y también se cree que son la causa directa de la liberación de grandes cantidades de oxígeno a la atmósfera. Estos usan la fotosíntesis para descomponer el dióxido de carbono, produciendo azúcares como alimento.
Su acceso a la luz solar depende de que permanezcan como colonias que habitan en la superficie; sin la luz del sol, morirían. Las estromalitas se encuentran en las aguas costeras de Australia.
Claramente, el uso de recursos determinará dónde crece una colonia. Las estromalitas necesitan luz solar y acceso a dióxido de carbono, las bacterias que viven en las profundidades necesitan compuestos de azufre o minerales en las rocas en las que viven; en términos evolutivos, se han adaptado para usarlos, y en el proceso han explotado entornos a los que otras criaturas ni siquiera pueden acceder.