No hay muchas desventajas en la educación sexual, pero puede asustar demasiado a alguien y de alguna manera podría eliminar las conversaciones con los padres de los niños.
Hay quienes sostienen que es responsabilidad de los padres enseñar educación sexual. Los programas de televisión han hecho una parodia de este hecho durante generaciones. Lo cierto es que hay algunos padres responsables que se toman el tiempo de enseñar educación sexual, pero no todos los padres son iguales. Algunos padres pueden ignorar a sus hijos o estar "demasiado ocupados" para abordar el problema cuando sea el momento adecuado y, por lo tanto, el niño debe buscar otras vías para enseñarles.
Es posible que los compañeros de sus hijos no tengan todas las respuestas. Aquellos que ya son sexualmente activos pueden no ser conscientes de todos los riesgos. Es posible que quienes no lo sean tampoco tengan todas las respuestas. Cuando se deja que los niños encuentren las respuestas entre ellos, se pueden difundir muchos mitos, creando así situaciones aún más peligrosas.
La educación sexual que se enseña en el sistema escolar se ha debatido durante mucho tiempo como correcta o incorrecta. Hay quienes creen que está totalmente mal que la escuela se involucre en un tema tan delicado. Pueden creer esto porque sienten que los padres deberían hablar o puede que se deba a razones religiosas.
Lo que se sabe es que elegir la edad incorrecta para introducir la educación sexual puede asustar a los niños, no solo a la abstinencia sino también a tener otros problemas. También hay que elegir una edad demasiado tarde para enseñar educación sexual, como el séptimo grado. La mayoría de las mujeres comienzan a menstruar en el quinto o sexto grado. Para algunos, la educación sexual puede reducir las conversaciones entre los padres debido a la timidez o la preocupación.