El Golgi está compuesto por pilas unidas a membranas conocidas como
cisternas (singular: Cisterna). Suelen estar presentes entre cuatro y ocho; sin embargo, en algunos
protistas se han observado hasta sesenta.
[2] Cada cisterna comprende un disco de membrana aplanado y transporta las enzimas de Golgi para ayudar o modificar las proteínas de carga que viajan a través de ellas. Se encuentran tanto en células vegetales como animales. La pila de cisternas tiene cuatro regiones funcionales: la red cis-Golgi, la red medial-Golgi, endo-Golgi y trans-Golgi. Vesículas del
retículo endoplásmico (a través de los
grupos vesicular-tubular) se fusionan con la red y posteriormente avanzan a través de la pila hasta la red trans Golgi, donde se empaquetan y envían al destino requerido. Cada región contiene diferentes enzimas que modifican selectivamente el contenido dependiendo de dónde residan.
[3] Las cisternas también transportan proteínas estructurales importantes para su mantenimiento como membranas aplanadas que se apilan unas sobre otras. La cara trans de la red trans-Golgi es la cara desde la cual las vesículas salen del Golgi. Estas vesículas pasan luego a compartimentos posteriores como la
membrana celular ,
vesículas secretoras o
endosomas tardíos .