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De hecho, la teoría atómica moderna también describe los conceptos básicos de la teoría atómica de Dalton. Sin embargo, hay pocas diferencias entre la teoría atómica de Dalton y la teoría moderna de los átomos. Dalton presentó que todas las materias están formadas por átomos que son indivisibles e indestructibles, mientras que los conceptos modernos sugieren que los átomos pueden destruirse con explosiones nucleares. Además de eso, los átomos también se pueden dividir en partículas subatómicas, sin embargo, la teoría de Dalton no lo mencionó.
La teoría atómica de Dalton también mostró que todos los átomos del mismo elemento son idénticos en masa y propiedades. Por otro lado, la teoría atómica moderna falsifica este concepto debido al descubrimiento de isótopos.