Una de las principales funciones naturales de los microorganismos, como las bacterias y los protozoos, es ayudar a la descomposición de la materia orgánica y actuar como un convertidor de los desechos orgánicos que se encuentran en los cuerpos de agua en sustancias menos dañinas o contaminantes.
Ambos roles en la naturaleza hacen que los microorganismos sean una parte vital del medio ambiente y del ciclo de la vida.
Ciertos gases como el dióxido de carbono y el nitrógeno también son emitidos por microorganismos, otro componente vital para el equilibrio de la naturaleza.