Al igual que con cualquier fobia, es posible que nunca se sepa.
Sin embargo, más común es una fobia causada por una reacción de alguien o un patrón aprendido de alguien. O una fobia podría ser causada por un trauma que tal vez no recuerden. Este es el escenario que supongo que es el caso de esta fobia. Un miedo irracional a los patrones irregulares de agujeros o protuberancias suena como un escenario que uno puede haber visto mientras se producía un trauma. El cerebro es un órgano notable por decir lo mínimo.
Esta es solo mi suposición sin educación. : 0)
Aquí hay un enlace a un artículo sobre lo que algunos investigadores creen que es la causa. Dicen que no son los agujeros lo que temen, sino el peligro que pueden representar.
http://www.cbsnews.com/news/understanding-trypophobia-why-some-people-fear-holes/