Tom Jones wurde im Alter von 16 Jahren zum ersten Mal Vater. Die Mutter des Jungen war Linda Trenchard, eine der Mädchen aus Toms Heimatstadt. Er heiratete sie 1957, einen Monat bevor Mark geboren wurde. Sein anderes Kind Jonathan Berkery, geboren im Juni 1988, war das Ergebnis einer Affäre mit einem seiner Fans.
Als seine Popularität wuchs, hatte er weiterhin eine Reihe von Affären und regelmäßige Allianzen mit prominenten Schauspielerinnen und Fans. Es wird angenommen, dass er eine Affäre mit der Amerikanerin Marjorie Wallace hatte, die im Jahr 1973 zur Miss World gekrönt wurde.
Jones gab auch an, dass er einmal einen One-Night-Stand mit Cassandra 'Elvira' Peterson hatte, einer amerikanischen Schauspielerin von Elvira Mistress of the Dark Ruhm. Er lebt jedoch noch mit seiner Frau Linda zusammen und wird von vielen noch immer als „engagierter Familienvater“ bezeichnet. Tom Jones hat zwei Enkelkinder.