- Unterschiede bei der Atmung.
Im Wesentlichen besteht der grundlegendste Unterschied zwischen sauerstofftoleranten und aeroben Bakterien, die auf der Oberfläche wachsen, während die anaeroben Bakterien die tieferen Bereiche besiedeln.
Extremophile Bakterien, die tief unter der Erde oder um die schwarzen Raucher des Tiefseerückens herum wachsen, verbrauchen nicht unbedingt Sauerstoff oder verbrauchen sogar, was als normale Nährstoffe angesehen würde, sondern bauen stattdessen Schwefelverbindungen ab.
Die schwarzen Raucherbakterien haben eine außergewöhnliche Hitze- und Druckbeständigkeit, wie ihre Herkunft vermuten lässt. Tief lebende Bakterien (und kürzlich entdeckte Nematodenwürmer) leben weit unter der Erde: Sie kommen beispielsweise in bestimmten Gesteinsschichten in den tiefsten Diamantenminen Südafrikas vor. Sie existieren, indem sie Verbindungen im Gestein abbauen.
Es gibt beträchtliche Argumente und Theorien darüber, wie sich die sauerstoffverwertenden Bakterien (die Aerobic-Bakterien) tatsächlich entwickelt haben. Die anfängliche Produktion von Sauerstoff auf der Erde tief in ihrer Vorgeschichte hätte zu einem Gas geführt, das für die meisten anaeroben Bakterien, die den größten Teil des Bioms und der Zeit bildeten, hochgiftig war.
- Ressourcenstrategien: Unterschiede zwischen Kolonien.
Stromalite sind ein gutes Beispiel für eine Oberflächenkolonie, und es wird auch angenommen, dass sie die direkte Ursache dafür sind, dass große Mengen an Sauerstoff in die Atmosphäre freigesetzt werden. Diese nutzen Photosynthese, um Kohlendioxid abzubauen, wodurch Zucker als Nahrung entsteht.
Ihr Zugang zum Sonnenlicht hängt davon ab, dass sie als oberflächenbewohnende Kolonien verbleiben; ohne das Sonnenlicht würden sie sterben. Stromalite kommen in den Küstengewässern Australiens vor.
Natürlich wird der Ressourcenverbrauch bestimmen, wo eine Kolonie wächst. Stromalite brauchen Sonnenlicht und Zugang zu Kohlendioxid, tief lebende Bakterien brauchen Schwefelverbindungen oder Mineralien in den Gesteinen, in denen sie leben; evolutionär gesehen haben sie sich an diese Nutzung angepasst und dabei Umgebungen ausgebeutet, auf die andere Kreaturen nicht einmal zugreifen können.