Der Golgi besteht aus membrangebundenen Stapeln, die als
Cisternae (Singular: Cisterna) bekannt sind. Zwischen vier und acht sind normalerweise vorhanden; bei einigen
Protisten wurden jedoch bis zu sechzig beobachtet.
[2] Jede Zisterne besteht aus einer abgeflachten Membranscheibe und trägt Golgi-Enzyme, um Frachtproteine, die sie durchqueren, zu unterstützen oder zu modifizieren. Sie kommen sowohl in Pflanzen- als auch in Tierzellen vor. Der Zisternenstapel hat vier funktionelle Regionen: Das cis-Golgi-Netzwerk, das mediale Golgi-, das Endo-Golgi- und das trans-Golgi-Netzwerk. Vesikel aus dem
endoplasmatischen Retikulum (über die
vesikulär-tubulären Cluster)) mit dem Netzwerk verschmelzen und anschließend durch den Stack zum Trans Golgi-Netzwerk gelangen, wo sie verpackt und an das gewünschte Ziel gesendet werden. Jede Region enthält unterschiedliche Enzyme, die den Inhalt selektiv modifizieren, je nachdem, wo sie sich befinden.
[3] Die Zisternen tragen auch Strukturproteine, die für ihre Aufrechterhaltung als abgeflachte Membranen wichtig sind, die aufeinander stapeln. Die trans-Seite des trans-Golgi-Netzwerks ist die Seite, von der aus die Vesikel den Golgi verlassen. Diese Vesikel gelangen dann in spätere Kompartimente wie die
Zellmembran ,
sekretorische Vesikel oder
späte Endosomen .