Eine wichtige natürliche Rolle von Mikroorganismen wie Bakterien und Protozoen besteht darin, beim Abbau von organischem Material zu helfen und organische Abfälle aus Gewässern in weniger schädliche oder umweltschädliche Substanzen umzuwandeln.
Beide Rollen in der Natur machen Mikroorganismen zu einem wichtigen Bestandteil der Umwelt und des Lebenszyklus.
Bestimmte Gase wie Kohlendioxid und Stickstoff werden auch von Mikroorganismen freigesetzt, ein weiterer wichtiger Bestandteil des natürlichen Gleichgewichts.