Die Anwendung der Mikrobiologie in Industrie und Landwirtschaft wird als Biotechnologie oder industrielle Mikrobiologie bezeichnet. In beiden Sektoren findet es vielfältige Anwendungsmöglichkeiten. In der Industrie, insbesondere in der chemischen Produktion, wird die Mikrobiologie zur Herstellung von Ethanol, Aceton, Parfüms und Enzymen eingesetzt. Darüber hinaus wird die Mikrobiologie zur Herstellung von Arzneimitteln wie Antibiotika, Impfstoffen und Steroiden eingesetzt.
In der Landwirtschaft wird die Mikrobiologie verwendet, um Bakterien zu erzeugen, die als spezifisches Insektizid verwendet werden können, das gewöhnlichen Pestiziden überlegen ist, weil es umweltfreundlich ist. Durch diesen Einsatz der Mikrobiologie können Nutzpflanzen geschützt werden, ohne dass negative Auswirkungen auf Menschen, Wildtiere, Bestäuber und andere nützliche Insekten entstehen.
Mikroorganismen ist sehr wichtig für die Landwirtschaft, Mikroorganismen bauen Pflanzen ab, damit der Boden fruchtbarer wird.
Die Diskussion über die Rolle von Mikroben für das menschliche Wohlergehen kann in zwei Überschriften unterteilt werden – gut und schlecht. Mikroben, wie wir sie kennen, können sowohl Gutes als auch Böses tun, was das menschliche Leben betrifft. Wir werden nun sowohl den Schaden als auch den Nutzen von Mikroben auflisten und dann eine Schlussfolgerung ziehen, wie die Mikrobiologie uns geholfen hat, die schlechten Mikroben zu kontrollieren oder abzutöten und die guten Mikroben maximal zu nutzen.