Die Regierungsstruktur der Philippinen während der spanischen Periode bestand im Wesentlichen aus nationalen, Provinz-, Gemeinde- und Barrio-Regierungen. Diese Hierarchie wurde der Regierungsstruktur Spaniens nachempfunden.
Auf nationaler Ebene wurden die Philippinen vom König von Spanien durch seinen Vertreter, den sogenannten Generalgouverneur, regiert. Der Sitz der Macht befand sich in Intramuros, Manila, und der Generalgouverneur fungierte als Leiter des Obersten Gerichtshofs, Oberbefehlshaber der Marine und Armee und als Wirtschaftsplaner des Landes. Alle Exekutivgewalt innerhalb der Kommunalverwaltung ging von ihm aus. Als vizeköniglicher Schirmherr war er auch berechtigt, kirchliche Ernennungen zu beaufsichtigen und die Missionsarbeit zu beaufsichtigen.
Provinzen wurden von sogenannten Alcalde-Bürgermeistern oder Provinzgouverneuren in befriedeten Gebieten und Corregidores, ebenfalls Alcalde-Bürgermeister, aber normalerweise Militärpersonal, in nicht-befriedeten Militärzonen geleitet. Dies galt auch für die Stadtverwaltungen. Beide Positionen beinhalteten, Richter, Tribut oder Steuer, Sammler, Polizeichef, Provinzhauptmann und Vizekönig zu sein.
Städte, oder Pueblos, wurden von sogenannten kleinen Gouverneuren geleitet. Zu den administrativen Aufgaben gehörten die Erstellung von Tribute-Listen; Wehrpflicht, Kommunalarbeit, Postarbeit und Rekrutierung und Verteilung von Einzelpersonen für die Wehrpflicht. Darüber hinaus war der kleine Gouverneur als Richter in kleineren Zivil- und Verwaltungssachen tätig.
Das Barrio oder die Dorfregierung lag in den Händen des Barrio-Verwalters. Der Barrio-Verwalter war im Allgemeinen für die Wahrung von Frieden und Ordnung verantwortlich und rekrutierte auch Männer für die kommunale oder öffentliche Arbeit. Um sicherzustellen, dass königliche Beamte ihre Befugnisse nicht missbrauchten, wurden stichprobenartige Besuche ohne vorherige Ankündigung von aus Spanien entsandten Generalvisiten durchgeführt.
Das 1893 eingeführte Maura-Gesetz reorganisierte die Stadtverwaltungen, um sie autonomer und effektiver zu machen. Es wurde später von amerikanischen und philippinischen Regierungen angenommen, gestärkt und überarbeitet.