Aglae
Affinitäten mit Hemichordata:
Amphioxus ähneln mit Hemichordaten in ähnlicher Weise:
1. Pharyngealer Apparat mit zahlreichen Kiemenschlitzen und Kiemenstegen.
2. Filterzufuhrmechanismus.
3. Atmungsmechanismus.
4. Entrocoelisches Koleom.
5. Zahlreiche Gonaden ohne Gonodukte.
Einwände:
Muskeln I Hemichordata sind unsegmentiert, Nervensystem deutlich nicht chordatiert, Kiemenschlitze dorsal statt seitlich und ein postnataler Schwanz fehlt.
Affinitäten zu Urochordaten:
Amphioxus ähneln in vielerlei Hinsicht Herdmania (einem Urochorat):
1. Primitiver ziliarer Nahrungs- und Atmungsmechanismus.
2. Großer Pharynx mit zahlreichen seitlichen Kiemenschlitzen, epiphyrangealer Furche, Endosyl- und Periphyrangealbändern.
3. Atrium, das sich durch Atripore nach außen öffnet.
4. Identische Spaltung und Gastrulation.
5. Vorhandensein von Chorda notochord, dorsaler hohler Nervenstrang und postnatalem Schwanz n Larve von Urochordaten.
Einwände:
Die erwachsenen Urochordates unterscheiden sich von Amphioxus in vielen Merkmalen wie: Körper segmentiert; abgedeckt durch einen Test aus Zellulose; ohne Chorda und hohle Nervenschnur; ohne Nephridien; eine Leber und ein muskulöses Herz haben. Es bedeutet, dass beide Gruppen gemeinsame Vorfahren haben, aber Amphioxus ist besser entwickelt als Urochordates.