Es beginnt an der Südgrenze der Schweiz. Einer seiner letzten Nebenflüsse entspringt im Val di Lei in Italien.
Beide Nebenflüsse treffen bei Reichenau zusammen und von Reichenau fließt der Rhein nach Norden und bildet die Grenze zwischen Liechtenstein und Österreich auf der Ostseite und dem Kanton St. Gallen der Schweiz auf der Westseite. Anschließend fließt er als Hochrhein nach Westen, passiert den Rheinfall und mündet in die Aare.